La Fundación tiene una estructura organizativa que incluye varios órganos y comités:

1. Asamblea General: Es el órgano máximo de la Fundación y toma decisiones políticas. Entre sus atribuciones se encuentran fijar políticas y estrategias, aprobar planes y presupuestos, realizar auditorías internas y ratificar reformas estatutarias. Cuenta con dos comités especiales: el Comité de Usuarios y el Comité Consultivo de Cooperantes.

2. Comité de Usuarios: Está formado por representantes de diversas organizaciones y sectores vinculados a la Fundación. Asesora en políticas y estrategias, además de hacer seguimiento a los programas y proyectos.

3. Comité Consultivo de Cooperantes: Está integrado por representantes de instituciones que financian proyectos de desarrollo empresarial rural. Asesora en políticas públicas de desarrollo rural y facilita la ejecución de programas.

4. Junta de Gobernadores: Encargada de supervisar el cumplimiento de estatutos y resoluciones, aprobar informes y presupuestos, y velar por el manejo financiero.

5. Dirección Ejecutiva: Responsable de ejecutar decisiones y resoluciones de la Asamblea, comités y Junta. Elabora planes y presupuestos, dirige labores técnicas y administrativas, supervisa proyectos y presenta informes.

6. Equipo Técnico: Compuesto por expertos en diversas áreas necesarias para la misión de la Fundación.

La población beneficiaria de los servicios de la Fundación incluye a personas rurales asociadas en cajas rurales de ahorro y crédito, pequeños productores agrícolas y forestales, pueblos indígenas y pobladores rurales dedicados a actividades no agrícolas. La prioridad se otorga a micros y pequeños productores con tierras limitadas.

La Fundación cuenta con una estructura organizativa descentralizada, con unidades de coordinación y desarrollo especializadas para diferentes proyectos y áreas.